生物資訊 Term Project 實施要點

每個同學將序列對齊(sequence alignment)演算法撰寫成程式，需提供網頁介面輸入，並將對齊的結果輸出於網頁上。

題目：

請參考「計算生物」第4章。

Term Project 實施時程如下：

1. 96年4月19日：Term Project 開始
2. 96年5月17日：程式繳交截止日期，請找助教查驗最後成果。

注意事項：

• 撰寫程式時，不限使用何種程式語言。
• 程式需以網頁介面完成 (介面設計可參考：http://genome.life.nctu.edu.tw/MUSICME)。 
• 輸入方式應有兩種，包括使用者直接輸入，以及上傳檔案輸入。
• 輸入的序列格式有兩種，分別為Fasta格式以及PDB格式(均以protein 1DI0為例)，此兩種格式均須支援。 
• 程式應具備讓使用者調整參數的功能(match, mismatch, gap...)或者於使用不同score matrix(蛋白質序列使用，如PAM250, Blosum62, Gonnet160) 。
• 對齊較佳的部份建議以不同顏色表示，以利於察看
• 輸出答案時，除了輸出對齊好的結果，使用者也可選擇是否輸出計算過程(即計算時所用的陣列) 
• 撰寫程式，不得抄襲他人或放置於網路上的程式。若經發現，本學期本課程以不及格論。