| 日期 |
內容 |
備註 |
| 4/20~4/26 |
將產生所有可能之程式frame改為15 |
到6個nucleotides後仍會遇到檔案過大時間太久的問題,將frame大小再降至12仍無幫助 |
| 將程式input改成用471 promoters 的 file |
直接將得到的次數file以53promoter來計算效果很差, 應該是要找出471條non-promoter的file來才行 |
| 4/13~4/19 |
subsequence |
目前程式出來的結果似乎無法幫助判斷promoter&non-promoter sequences的分類 |
| 4/6~4/12 |
提審 |
proposal寫太慢,沒先仔細想好要說什麼和可能被問的問題,表現的很差>.< |
| 3/30~4/5 |
Proposal |
寫proposal並整理數據 |
| 3/23~3/29 |
promoter程式 |
用暴力解來找出所有可能的attribute,跑到後來會遇到時間太長還有檔案太大的問題 |
| 參加比較基因體研討會 |
有promoter的session, 但是是針對不同物種相同基因的promoter來做研究 |
| 1/19~1/25 |
資料結構 |
成績登錄結束，可以重灌電腦了 |
| 找paper & 想方法 |
NCBI上的Mud只有1997後的才有全文?? |
| 1/12~1/18 |
準備演算法考試 |
考的很難不過，不過有些好像不是重點，但跟講課本義一模一樣應該有些同學會考的不錯吧 |
| 監考DS & 整理成績 |
很多同學問什麼時候成績會出來 |
| 找paper & 想方法 |
還是覺得怪怪的，問了一下其他同學，原來大家都不懂@_@ |
| 1/5~1/11 |
去生醫所問promoter sequence |
(1)未找出initiator的可能不能做prediction
(2)長度也許要1000(看到的paper似乎都沒取那麼長)
(3)先針對某一類物種下去做 |
| DS |
改作業、考卷 |
| Algorithm |
寫作業 & 準備考試 |
| 12/29~1/4 |
寄信問promoter sequence |
目前沒有人回 |
| 看paper |
Promoter2.0 : for the recognition of Poll promoter sequences
From bioinformatics 1999 |
| 老師的照片 |
寄給莉萍姐了，也許最近就會貼上去了吧 |
| 12/22~12/28 |
看paper |
Mining Association Rules from Databases: Methods and Applications in Business and Bio-informatics |
| promoter |
上網找了些promoter出來，不過不知道該怎麼確定這些是不是真的是promoter，之前paper上的promoter都取57，為什麼呢? |
| 寫演算法作業 |
看來元旦要好好看看講義了 |
| 寫演算法程式 |
還是寫不出聰明的螞蟻 -__- |
| 12/15~12/21 |
寫演算法程式 |
發現不太懂Ant Algorithm.. @@ |
| 寫演算法作業 |
越來越難了，不太會寫，而且題目中居然還有要去另一本書找題目的，真怪.. |
| 報paper |
Fast Algorithms for Mining Association Rules
From:Proc. 20th Int. Conf. Very Large Data Bases (VLDB), September, 1994
發現想用data mining 似乎要先找到pattern才行，還要研究一下data mining才行，
不過promoter方面的知識現在也很欠缺，要加油才行 |
| 12/8~12/14 |
改考卷 |
這一次的題目比較簡單所以成績普遍較好 |
| 改講義的圖 |
不同電腦看到的結果果然是不一樣呀，棘手的問題.. |
| 週報再改版 & 內容不要寫太多 |
雖然只有日期的聯結怪怪的不過也許會有用吧，週報內容不要寫太多
既然是工作報告就不要寫些感想什麼工作外的事，就像作業一樣多寫難改又沒用 |
| 研討會心得 |
其他學校的資工似乎沒有我們那麼生物，我們想當逆天強者?! |
| 找研究方向 & meeting 該報什麼呢 |
居然沒有人建議我繼續做生物資訊，大家意見都很一致呀，不過其他電腦的東西很久沒碰了到底還能做什麼呢，
去國科會的網頁查最近流行申請什麼計劃呢，發現找不到生物資訊這個選項了，上學期還有的呀?! |
| 12/1~12/7 |
個咪 |
雖然之前說要看生物一點的東西比較有幫助，不過現在確定太生物不適合我們做，要慢慢來才行，
所以接下要來先看 orthologous 方面的東西，希望可以做下去 |
| Algorithm程式 |
目前已求出一條還不錯的Supersequence，預計再參考Paper或自己想找出一個不要太差的機率條件再使用Ant Algorithm
來跑看看，盡量求出各種不同input下都可以有不錯的solution |
| 研究方向 |
暫時還是看如何由已知gene的exon&intron找看看有沒有rule可以幫助我們預測新gene的exon&intron，畢竟這和先前看的比較接近 |
| Algorithm ch6作業 |
有些題目不太懂為什麼要用tree，因為用tree似乎不會比較好，大致上都寫的差不多了，目前在研究如何把6.2寫在一張活頁紙裡
，因為答案有點長 |
| 檯燈 & 主機版 |
檯燈選構正式告一段落，大家也都把新檯燈裝起來了，發現雖然直接跟公司買比去家樂福買麻煩些，但價格差了不少，電腦主機版也換好了，
不過不小心弄掛了顆CPU，發現現在的CPU好脆弱@@，anyway實驗室的一些任務算是暫時告一段落了，星期三要實驗室整潔比賽，
這兩天再把東西整理整理 |
| 11/24~11/30 |
看&報告Phylogenetic Footprinting |
Form : Journal of Computational Biology, Vol. 9, Number 2, pp.211-223, 2002。
用 Dynamic Programming 在已知 species 在演化樹上來關係來求 species 的 regulatroy elements，
在 time & spcae complexity上也許還有改進的空間。問了國璽兩次才懂，老師聽就知道time complexity
太高了，真不愧是學長和老師 |
| 找薛幼玲老師 |
老師說 Alternative Splicing 做出來會很有名，樹大招風，該換個題目了 |
| Improved Splice Site Detection in Genie |
From : Prediction Spliciing Site的Paper，都在介紹什麼是GHMM，只有後面有提到一下他的方法用到了
GHMM 和 NN，但沒有說的很清楚，不過可能也不做這方面的東西了，太生物啦 |
| 週報改版 |
拿國尊的來用發現國尊也是HTML愛用者，事實證明.. HTML才是王道呀 |
| DS上機習題六 |
又要改作業了，這次的作業有問題的比之前多了些，可能是題目越來越有深度了，
中山似乎很流行寫作業和考試，下次作業好像更有深度，操死那群小兔仔子 |
| 選購檯燈 |
老師們在考慮怎麼讓學生用功點，我卻希望停車場位置多一點、飲水機快修好，
停車場的問題可能不好解決?沒想到飲水機也要明年才有錢修?實驗室可以先不要買書架和檯燈，
把這錢先給學校修飲水機嗎?是因為不能開發票?!no，其實是因為我不知道該挑那組檯燈 |
| 11/17~11/23 |
資料結構監考(算乎?) |
原來監考也是很累人的 |
| 寄信給薛幼玲老師 |
整理現在看的東西寄給薛幼玲老師，希望老師能找時間給點意見，不過寄快一星期了仍無回音 |
| 可能要換方向.. |
可能要換研究方向，思考meeting時該報什麼paper~Algorithms for Phylogenetic Footprinting? |
| 回家 |
跑回台北拿生物資訊的資料，不過可能沒用了? |