4/20~4/26 4/13~4/19 4/6~4/12 3/30~4/5 3/23~3/29 1/19~1/25 1/12~1/18 1/5~1/11 12/29~1/4 12/22~12/28 12/15~12/21 12/8~12/14 12/1~12/7 11/24~11/30 11/17~11/23

寫信給繼緯

日期 內容 備註
4/20~4/26 將產生所有可能之程式frame改為15 到6個nucleotides後仍會遇到檔案過大時間太久的問題,將frame大小再降至12仍無幫助
將程式input改成用471 promoters 的 file 直接將得到的次數file以53promoter來計算效果很差, 應該是要找出471條non-promoter的file來才行
4/13~4/19 subsequence 目前程式出來的結果似乎無法幫助判斷promoter&non-promoter sequences的分類
4/6~4/12 提審 proposal寫太慢,沒先仔細想好要說什麼和可能被問的問題,表現的很差>.<
3/30~4/5 Proposal 寫proposal並整理數據
3/23~3/29 promoter程式 用暴力解來找出所有可能的attribute,跑到後來會遇到時間太長還有檔案太大的問題
參加比較基因體研討會 有promoter的session, 但是是針對不同物種相同基因的promoter來做研究
1/19~1/25 資料結構 成績登錄結束,可以重灌電腦了
找paper & 想方法 NCBI上的Mud只有1997後的才有全文??
1/12~1/18 準備演算法考試 考的很難不過,不過有些好像不是重點,但跟講課本義一模一樣應該有些同學會考的不錯吧
監考DS & 整理成績 很多同學問什麼時候成績會出來
找paper & 想方法 還是覺得怪怪的,問了一下其他同學,原來大家都不懂@_@
1/5~1/11 去生醫所問promoter sequence (1)未找出initiator的可能不能做prediction
(2)長度也許要1000(看到的paper似乎都沒取那麼長)
(3)先針對某一類物種下去做
DS 改作業、考卷
Algorithm 寫作業 & 準備考試
12/29~1/4 寄信問promoter sequence 目前沒有人回
看paper Promoter2.0 : for the recognition of Poll promoter sequences
From bioinformatics 1999
老師的照片 寄給莉萍姐了,也許最近就會貼上去了吧
12/22~12/28 看paper Mining Association Rules from Databases: Methods and Applications in Business and Bio-informatics
promoter 上網找了些promoter出來,不過不知道該怎麼確定這些是不是真的是promoter,之前paper上的promoter都取57,為什麼呢?
寫演算法作業 看來元旦要好好看看講義了
寫演算法程式 還是寫不出聰明的螞蟻 -__-
12/15~12/21 寫演算法程式 發現不太懂Ant Algorithm.. @@
寫演算法作業 越來越難了,不太會寫,而且題目中居然還有要去另一本書找題目的,真怪..
報paper Fast Algorithms for Mining Association Rules From:Proc. 20th Int. Conf. Very Large Data Bases (VLDB), September, 1994 發現想用data mining 似乎要先找到pattern才行,還要研究一下data mining才行, 不過promoter方面的知識現在也很欠缺,要加油才行
12/8~12/14 改考卷 這一次的題目比較簡單所以成績普遍較好
改講義的圖 不同電腦看到的結果果然是不一樣呀,棘手的問題..
週報再改版 & 內容不要寫太多 雖然只有日期的聯結怪怪的不過也許會有用吧,週報內容不要寫太多 既然是工作報告就不要寫些感想什麼工作外的事,就像作業一樣多寫難改又沒用
研討會心得 其他學校的資工似乎沒有我們那麼生物,我們想當逆天強者?!
找研究方向 & meeting 該報什麼呢 居然沒有人建議我繼續做生物資訊,大家意見都很一致呀,不過其他電腦的東西很久沒碰了到底還能做什麼呢, 去國科會的網頁查最近流行申請什麼計劃呢,發現找不到生物資訊這個選項了,上學期還有的呀?!
12/1~12/7 個咪 雖然之前說要看生物一點的東西比較有幫助,不過現在確定太生物不適合我們做,要慢慢來才行, 所以接下要來先看 orthologous 方面的東西,希望可以做下去
Algorithm程式 目前已求出一條還不錯的Supersequence,預計再參考Paper或自己想找出一個不要太差的機率條件再使用Ant Algorithm 來跑看看,盡量求出各種不同input下都可以有不錯的solution
研究方向 暫時還是看如何由已知gene的exon&intron找看看有沒有rule可以幫助我們預測新gene的exon&intron,畢竟這和先前看的比較接近
Algorithm ch6作業 有些題目不太懂為什麼要用tree,因為用tree似乎不會比較好,大致上都寫的差不多了,目前在研究如何把6.2寫在一張活頁紙裡 ,因為答案有點長
檯燈 & 主機版 檯燈選構正式告一段落,大家也都把新檯燈裝起來了,發現雖然直接跟公司買比去家樂福買麻煩些,但價格差了不少,電腦主機版也換好了, 不過不小心弄掛了顆CPU,發現現在的CPU好脆弱@@,anyway實驗室的一些任務算是暫時告一段落了,星期三要實驗室整潔比賽, 這兩天再把東西整理整理
11/24~11/30 看&報告Phylogenetic Footprinting Form : Journal of Computational Biology, Vol. 9, Number 2, pp.211-223, 2002。 用 Dynamic Programming 在已知 species 在演化樹上來關係來求 species 的 regulatroy elements, 在 time & spcae complexity上也許還有改進的空間。問了國璽兩次才懂,老師聽就知道time complexity 太高了,真不愧是學長和老師
找薛幼玲老師 老師說 Alternative Splicing 做出來會很有名,樹大招風,該換個題目了
Improved Splice Site Detection in Genie From : Prediction Spliciing Site的Paper,都在介紹什麼是GHMM,只有後面有提到一下他的方法用到了 GHMM 和 NN,但沒有說的很清楚,不過可能也不做這方面的東西了,太生物啦
週報改版 拿國尊的來用發現國尊也是HTML愛用者,事實證明.. HTML才是王道呀
DS上機習題六 又要改作業了,這次的作業有問題的比之前多了些,可能是題目越來越有深度了, 中山似乎很流行寫作業和考試,下次作業好像更有深度,操死那群小兔仔子
選購檯燈 老師們在考慮怎麼讓學生用功點,我卻希望停車場位置多一點、飲水機快修好, 停車場的問題可能不好解決?沒想到飲水機也要明年才有錢修?實驗室可以先不要買書架和檯燈, 把這錢先給學校修飲水機嗎?是因為不能開發票?!no,其實是因為我不知道該挑那組檯燈
11/17~11/23 資料結構監考(算乎?) 原來監考也是很累人的
寄信給薛幼玲老師 整理現在看的東西寄給薛幼玲老師,希望老師能找時間給點意見,不過寄快一星期了仍無回音
可能要換方向.. 可能要換研究方向,思考meeting時該報什麼paper~Algorithms for Phylogenetic Footprinting?
回家 跑回台北拿生物資訊的資料,不過可能沒用了?