廖英哲的週報

2002/12/15~12/21	在GenBank中search可以當作data的DNA sequences來跑看看，由A、G、T、C四種組合的motif和20種組合的蛋白質是否有相關？目前還在找sequences，因為有一些paper的input data是random sequences。
	利用造出多條strings當作是找motif的樣本，不同之前由一條string找motif，比較之間的差異。目前還在coding。
	因為這禮拜跑了幾趟台北去公司面試，所以進度有點少。

2002/12/08~12/14	對於ACO所得解當起點的做法，所得到的結果並沒有明顯的好，但所花費的時間卻大幅的增加，所以不適用。
	而目前在run的程式是用暴力法，因為老師希望可以得到此input data較好的解，因此先跑全部的結果看最佳解的score。
	之前所用的input data並不是非常相似，因為在paper上所得到的結果，在motif中的任兩條substring的相似度不到10分之4，約只有5、6各字元有對應到，因此不太符合motif的特性。

2002/12/01~12/07	原本的方法(利用ACO找出motif)：我認為可以利用在相同的family的sequences，因為同一個family的sequences中應有某一些subsequences非常相似，因此可以符合著由一個主要subsequence去尋找其他的subsequences。已經用過個例子跑出結果很好。
	已ACO找到的解為起點：目前已寫程式在測試，但還在測試階段，如以目前所得的結果應該算不好，因為得到的結果太雜、不一定好，不過還在看程式部分是否有錯？

2002/11/25~11/31

解決之前所遇到的問題，目前是在找其他相關motif的paper，看是否有其他的score function，然後嘗試找出一個較好的score function；另外修改之前程式的問題，把之前程式裡的一些bug找出來並修正。

2002/11/18~11/24

寫程式模擬motif用ACO的方法解的結果，因為之前所用計算score的方法效果不太理想，之前的方法是先找出一段substring，利用這一substring去指出其他的sequences跟此substring最相近的substrings，然後用此substrings的集合去算出score，但所得結果並不算理想，所以目前是以一個一個substring加入為motif的方法算score，也就是加入一個substring利用目前的motif去算出score已訂出下一個substring的位置，目前所得的解比之前好，但缺點是所花費時間太長，仍在思考可以減少計算時間的方法。