生物資訊    Bioinformatics

 

教師

研究室

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卓忠隆

生物科學系

clcho@mail.nsysu.edu.tw

3610

楊昌彪 

資訊工程學系F5020 

cbyang@cse.nsysu.edu.tw

4333

薛佑玲 

(藝術大樓)生醫所111

ylshiue@mail.nsysu.edu.tw

5818

 

助教::彭永興
研究室:
資訊工程學系 F5013室
電話(公):07-525-2000 轉 4345
E-mail:  pengyh@par.cse.nsysu.edu.tw 

Term Project 實施要點

課程綱要

Part 1 教材    Geoffrey M. Cooper, 2000, The Cell - A Molecular Approach, 2nd ed., Sunderland (MA): Sinauer Associates, Inc.

Part 2 教材       李家同教授,計算生物學講義
Part 3 教材     Baxevanis AD and Ouellette BFF, 2005, Bioinformatics - a Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd ed., John Wiley & SOnx, Inc. Hoboken, New Jersey, USA.
分子生物資料庫網址列表
生物資訊相關連結
生物資訊群體學習網站
Exact String Matching Algorithms (收集數十種字串比對方法,有完整的program code,以及細部執行的情形)
C/C++  on line help (可以查詢語法、library等)
考試考古題

課程講義(以下講義為Powerpoint檔案,若需印出時,最好利用印表機(或fine printer軟體)將二頁(或四頁)合併一頁列印。請不要使用Powerpoint所提供的二頁(或四頁),因為效果不好):

註1:此檔案為Powerpoint 2000所製作,若用其他版本的Powerpoint打開,有些特殊符號可能變形。

註2:修本課程同學,請於上課前,自行印出講義

上課錄影  (需要密碼)
Introduction
Part 1
Exploring Life & A Tour of the Cell
The Structure and Function of Nucleic Acids and Proteins Macormolecules
How Are Genes Expressed? From Gene to Protein
Organization of Chromosome and Genome
Basic Principles and Components of PCR (Polymerase Chain Reaction)             大腸桿菌核酸粗萃取      PCR實驗步驟
Part 2
Introduction to Algorithms
String Matching
Sequence Alignment
Evolution Trees
Secondary Structure of RNA
Prediction of Protein Structures
Genome Rearrangement  
            講義(Word),從李家同教授講義修正而得
Part 3
Introduction to Genome Projects and Bioinformatics
Predictive Methods Using DNA Sequences (1)
Predictive Methods Using DAN Sequences (2)
Predictive Methods Using Protein Sequences (1)
Functional Genomics(1)
Predictive Methods Using Protein Sequences (2)

其他參考資料或文章
(下列文章均為通俗性介紹,適合所有理工背景者閱讀)
DNA像電腦嗎     李家同
生命之書—人類基因體計劃簡介     呂平江
DNA親子鑑定      李俊億
地球上最早的文字      李家同
基因科技對人類的衝擊      張碩修
NP-Completeness簡介      林妙聰